从2020年11月至2021年7月，优化用于SARS-COV-2的Illumina Ampliseq协议和在巴西Goiás的循环变体的检测

SARS-COV-2大流行证明了对基因组流行病学监测的必要性。迄今为止，已经应用了各种方法，包括宏基因组方法和与高通量测序平台相关的基于扩增的测序。我们使用SARS-COV-2社区面板（Illumina Ampliseq）在基于扩增子的测序中调整了一些细节，并使用Miseq平台进行了其他修改，以实现平衡和高质量的测序。修改后的方案用于检测巴西Goiás州的循环SARS-COV-2变体。最初，从12月/2020年和2021年2月/2021年的15例患者那里获得了RNA样品，以验证协议步骤。图书馆是按照Ampliseq进行的，以进行Illumina工作流，并进行修改；随后，我们分析了从2020年12月至2021年7月从Goiás收集的305个阳性样品。为了改进协议，我们取消了需要使用DNase处理样品的需求，并证明了图书馆稀释前后QPCR对量化的重要性。在用生物分析仪分析的样品中未观察到碎片模式。库返回用于基因组组装和变体检测的测序结果。我们能够从318个样品中组装出SARS-COV-2基因组，这些样本用于鉴定在Goiás中循环的13种变异性冠状病毒。 Variants of concern, such as Alpha (B.1.1.7), Gamma (P.1) and Delta (B.1.617.2) were detected; the latter was detected at first in Goiás in April 2021. The modifications in the workflow we developed were successfully applied to detect SARS-CoV-2 variants, resulting in high coverage genome assembly, and they can be used to increase the number of genome sequences and aid in epidemiological surveillance in Brazil.