研究文章
优化SARS-COV-2IllumaAmpliSeq协议并检测2020年11月至2021年7月在巴西Goiás州循环变异
亚博游戏官网网址发布日期:2022年3月30日
创用CC模尔解析21(1):GMR19018
DOI:https://doi.org/10.4238/gmr19018
引用此文章
C.P.Targueta R.S.布拉加-费雷拉A.A.de Melo J.S.德库尔西奥Nunes R.O.Dias FMelio-Andrade D.M席尔瓦EPSilveira-Lacerda,T.G.卡斯特罗TMA洛杉矶佩德罗索市Pereira AFMendonça,R.M.阿尔梅达市席尔瓦MPCTelles公司(2022年)。优化SARS-COV-2IllumaAmpliSeq协议并检测2020年11月至2021年7月在巴西Goiás州循环变异
创用CC模尔解析21(1):GMR19018
https://doi.org/10.4238/gmr19018
2 050视图
抽象性
SARS-COV-2大流行证明需要基因组流行病学监控迄今应用了各种方法学,包括 meagenomic方法以及与高通量排序平台相联的mplicon排序使用SARS-COV-2社区板块(IluminaaampliSeq)对细节进行复选,并使用MiSeq平台对均衡和高质量排序做更多修改修改协议用于检测巴西Goiás州循环式SARS-CoV-2变异RNA样本最初取自巴西Goiás州15名病人的swab样本,于2010年11月20日和2021年2月验证协议步骤库根据AmpliSeq编译Illuma工作流并修改自2020年12月至2021年7月从Goias州采集的305例阳性样本协议改进时,我们删除了用脱氧核糖核酸处理样本的必要性,并展示了qPCR稀释前后量化的重要性样本中未观察到分片模式使用生物解析器分析库返回序列结果,用于基因组汇编和变异检测SARS-COV-2基因组取自318样本,用这些样本识别Goiás所有数月循环的13种corona病毒变异替代物,如 Alpha(B.1.1.7)、Gamma(P.1)和Delta(B.1.617.2)检测到2021年4月Goiás初步检测后验SARS-COV-2变异成功应用我们开发的工作流程修改,结果高覆盖基因组汇编,并可用于增加基因组序列数和帮助巴西流行病学监控